РАЗРАБОТКИ ДЛЯ БИОИНФОРМАТИКИ
В 2003 г мы разработали первое специализированное приложение для биологов
Реализация биоинформатического ПО ведется в различных направлениях. Это новые алгоритмы, оптимизация существующих алгоритмов и интерфейсов; создание комплексных вычислительных схем; интеграции различных методов, приложений и баз данных; работа с общей базой данных. При потребностях заказчиков реализуем вычисления в “облаках”, на кластерах и специальных процессорах. Возможна реализация решений как на платформе UGENE, так и разработка новых продуктов и приложений, а также изменение существующего ПО заказчика. Здесь приведены примеры проектов.
Биотехнологическая компания, отечественный лидер по производству реагентов для лабораторной диагностики, выразила готовность внести ряд улучшений в основную версию программной системы. Цель – расширить возможности ряда программных инструментов в составе UGENE, которыми часто пользуется научно-исследовательский отдел компании. Сотрудничество продолжается.
Свойства:
Реализация запросов по улучшению программы и исправлению ошибок, включает в себя: оценку запроса, написание спецификации, разработку, тестирование и написание документации.
Технологии:
C++, QT toolkit
Европейская биотехнологическая компания заказала разработку веб-приложения для редактирования хроматограмм, т.е. отрезков генетических последовательностей, которые получают секвенированием био-образцов. Веб-приложение работает в связке с модифицированной версией биоинформационной системы Unipro UGENE, установленной на сервере компании. Диагностическое подразделение компании-заказчика продуктивно использует новый редактор для производства компонентов генной терапии, онко-терапии, иммунотерапии и вакцин.
Технологии:
C++, QT toolkit, HTML, PHP, Javascript
В рамках сотрудничества с международным проектом VIROGENESIS в биоинформатическую платформу Unipro UGENE встроены несколько новых инструментов и вычислительных схем для масштабных исследований вирусов методами высокопроизводительного секвенирования (NGS). Это помогло ускорить исследования, упростить эпидемиологический анализ вирусных данных. Вирусологи смогли расширить знания о передаче вирусов, их лекарственной устойчивости, улучшить диагностику. По итогам работы вышла совместная публикация.
Технологии:
C++, QT toolkit
Биотехнологическая компания - лидер отечественного рынка по синтезу олигонуклеотидов и тест-системам для ПЦР-РВ, производит также и оборудование для молекулярного анализа. Компания обратилась к нам с запросом по улучшению программного обеспечения для генетического анализатора. Проект был успешно реализован и стал частью встроенного ПО серийно выпускаемого прибора. Это позволило совмещать данные прибора с широко используемыми международными форматами и более эффективно их обрабатывать.
Технологии:
C++, QT toolkit, Java
В партнерстве с одним из американских научно-исследовательских институтов наша команда создала большой модуль для работы с данными высокопроизводительного секвенирования (NGS). В него вошли несколько хорошо зарекомендовавших себя программных инструментов анализа, на базе которых появились новые вычислительные конвейеры. Единый программный интерфейс и автоматизация многошаговых вычислений позволили ученым существенно повысить скорость обработки данных в различных операциях - это de-novo сборка фрагментов последовательностей, картирование фрагментов, работа с RNA-seq и CHiP-seq последовательностями, анализ генетических вариаций. Работа ознаменовалась совместной публикацией.
Технологии:
C++, QT toolkit
Разработаны 3 специализированных алгоритма для работы с библиотеками гена 16sРНК микробиомных сообществ на базе программной платформы UGENE .
Технологии:
C++, Qt toolkit
Web-приложение с размещением на серверах Windows Azure, позволяющее детально отслеживать статус всех запущенных заданий, загрузку вычислительных мощностей и авторизацию пользователей.
Технологии:
C++, Qt toolkit, Java, MS Azure