Биоинформатика против вирусов на примере SARS-CoV-2

В конце июля 2020 вышла статья американских ученых о разработке вычислительного биоинформационного процесса, который помогает идентифицировать вирусные мишени для терапии или вакцинации. На примере коронавируса SARS CoV-2, вызывающего болезнь COVID-19, показаны все шаги этого процесса. Авторы рассказывают, как процесс может быть адаптирован для других инфекционных агентов. Немаловажно, что он доступен широкому кругу студентов, поскольку не требует глубокого знания биоинформатики и базируется на свободном программном обеспечении. Мы рады тому, что наша открытая платформа UGENE оказалась полезна для нового вычислительного процесса и используется в двух из шести его этапов, наряду с еще тремя биоинформационными системами. С помощью UGENE производится визуализация и анализ выравниваний геномных последовательностей разных вирусов, а также фильтрация последовательностей-кандидатов. Кроме получения конкретных результатов, новый процесс помогает студентам усвоить несколько концепций медицинской вирусологии. UGENE давно и успешно используется учеными-вирусологами в разных частях света, помогая в идентификации новых вирусов, их сравнительном анализе и поиске новых методов противостояния опасным инфекциям.