Биоинформатика

Направление «Биоинформатика» стартовало в «УНИПРО» в 2003 году, когда был разработан и выпущен наш первый специализированный ИТ-инструмент для биологов, который позволял сравнивать попарно полные генетические последовательности разных видов . Сейчас мы разрабатываем и поддерживаем как собственные биоинформационные продукты, так и заказные проекты.

UGENE

В 2008 году был представлен новый флагманский продукт компании в области биоинформатики – UGENE, который компания активно развивает и сейчас. UGENE - это свободное ПО для молекулярного биолога, доступное на Windows, macOS, Linux. UGENE очень прост в установке и использовании и объединяет различные инструменты и методы для комплексного анализа молекулярных последовательностей в едином многофункциональном графическом интерфейсе.

В проекте поддерживается гибкая интеграция сторонних программ. Например, в рамках грантов финансируемых Европейским союзом, США и Россией, а также благодаря заказам коммерческих компаний в открытую версию UGENE были добавлены инструменты для анализа данных высокопроизводительного секвенирования, поиск вариаций, транскриптомика, метагеномика и многое другое.

Помимо базовой открытой версии UGENE компания предоставляет услуги по разработке самостоятельных биоинформационных приложений, доступ к которым есть только у заказчика.

Сегодня разработка ведется в нескольких направлениях. Это новые алгоритмы обработки данных секвенирования, оптимизация существующих алгоритмов, улучшение графического интерфейса, создание автоматизированных вычислительных схем, интеграция различных новых методов анализа, совместная работа биологов с базами данных, реализация онлайн-сервисов.

  1. Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M, the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit . Bioinformatics 2012 28: 1166-1167. doi:10.1093/bioinformatics/bts091
  2. Golosova O, Henderson R, Vaskin Y, Gabrielian A, Grekhov G, Nagarajan V, Oler AJ, Quiñones M, Hurt D, Fursov M, Huyen Y. Unipro UGENE NGS pipelines and components for variant calling, RNA-seq and ChIP-seq data analyses. PeerJ 2014 2:e644. doi:10.7717/peerj.644

GeneCut

Программа GeneCut предназначена для проведения in silico экспериментов по сборке генов и молекулярному клонированию. Она реализована в виде веб-сервиса. Программа позволяет разбивать нуклеотидные последовательности на короткие и длинные блоки проверенными научными алгоритмами и потом - собирать из полученных фрагментов новые генетические конструкции. Кроме того, можно делать ряд вспомогательных манипуляций с аминокислотными и нуклеотидными последовательностями.

Результаты, полученные в программе, служат основой для последующих лабораторных экспериментов. Подробные отчеты, формируемые программой, сохраняются в облачной базе данных. Чтобы начать пользоваться веб-сервисом, достаточно зарегистрировать аккаунт.