РАЗРАБОТКИ ДЛЯ БИОИНФОРМАТИКИ

В 2003 г мы разработали первое специализированное приложение для биологов

Биоинформатическое ПО в действии

Реализация  биоинформатического ПО ведется в различных направлениях. Это новые алгоритмы, оптимизация существующих алгоритмов и интерфейсов; настройка комплексных вычислительных схем; интеграции различных методов, приложений и баз данных; работа с общей базой данных. При потребностях заказчиков реализуем вычисления в “облаках”, на кластерах и специальных процессорах. Возможна реализация решений как на платформе UGENE, так и разработка новых продуктов и приложений.

Интегрированная биоинформационная среда Unipro UGENE (УНИПРО, с 2008)

Unipro UGENE объединяет различные инструменты и методы для комплексного анализа молекулярных последовательностей в единым многофункциональном интерфейсе. Открытый код проекта дает возможность вникать в детали процесса разработки.

Свойства:

  • анализ, аннотирование и поиск структурных элементов
  • запросы к удаленным базам данных
  • высокопроизводительные оптимизации алгоритмов
  • поддержка множества биологических форматов данных
  • конструктор вычислительных схем, конвейерная обработка данных
  • простое подключение внешних инструментов
  • автоматизация небольших лабораторий через общую базу данных
  • удаленные вычисления

Технологии:
C++, QT toolkit, JQuery, Java, JIRA, TeamCity

SNP Toolbox (УНИПРО, с 2011)

Софт для обработки и анализа большого количества геномных вариаций в виде однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Мощная интегрированная база данных, собранная по наиболее известным мировым источникам молекулярно-биологических данных. Графический интерфейс и потоковая обработка данных на всех стадиях существенно облегчает  работу пользователей. Промышленная бета-версия находится на стадии тестирования.

Свойства:

  • база данных содержащая все известные гены, SNP и их аннотации, связь с заболеваниями, матрицы повреждающего эффекта
  • мощный набор фильтров вариаций
  • отбор перспективных вариаций с большим повреждающим эффектом
  • быстрая обработка больших массивов данных
  • разноуровневая визуализация и удобный интерфейс
  • большие возможности кастомизации
  • мультиплатформенность

Технологии:
C++, Qt toolkit, JIRA, JQuery, Java

Приложения для работы с микробиомом (ВНИИСХМ, РФ, 2012)

Разработаны 3 специализированных алгоритма для работы с библиотеками гена 16sРНК микробиомных сообществ на базе программной платформы UGENE .

Технологии:
C++, Qt toolkit

Интегрированный пакет для работы с био-изображениями (UK, 2011)

Web-приложение с размещением на серверах Windows Azure, позволяющее детально отслеживать статус всех запущенных заданий, загрузку вычислительных мощностей и авторизацию пользователей.

Технологии:
C++, Qt toolkit, Java, MS Azure